Risk analizi ve yönetimi ile birlikte gelen bir takım problemler ve ideal olmayan durumlar vardır. Bu durumlar aşağıdaki şekilde özetlenebilir:
1. Risk analizi sonuçlarının objektif olması beklenirken daha çok subjektif olabilmektedir. Özellikle kalitatif risk analizinde bu problem daha çok görülebilir. Çünkü, kalitatif risk analizinde risk, sayısal değerlerden çok tanımlar ile ifade edilmektedir.
2. Kuruma ya da organizasyona yönelik en uygun risk analiz yönteminin belirlenememesi yada kantitatif analiz yöntemlerinin kullanılması gereken bir kurumda kalitatif analiz yönteminin tercih edilmesi sonucu olarak risk analizini kurum kendisi bile yapsa, zaman ve para kaybına yol açabilecektir.
3. Tüm kurumlara uyan bir risk analizi yöntemi mevcut değildir. Çünkü her kurumun kendine özel farklı farklı tehditleri vardır. Risk analizi ve yönetimi yapılacak olan bir kurumda, öncelikle ne tip bir risk analizi ve yönetimi yönteminin uygulanması gerektiği belirlenmelidir.
4. İşe uygun olmayan yöntemlerin seçilmesi ya da birkaç yöntemin bir arada kullanılması nedeniyle risk analizinin sonuçlanmasının beklenmesi durumunda gerekli önlemlerin
alınmasında gecikme olacaktır, ya da bu önlemler alınamadan kaza meydana gelecektir.
5. Risk analizini yapacak iş sağlığı ve güvenliği teknik elemanının tecrübesi risk analizi sonucunu etkiler. Risk analizi ve yönetimi işlemi, önceden belirlenmiş kesin adımları olan işlemler değildir ve içerisinde birçok risk analizi yöntemi mevcuttur. Bu yöntemler, riski yorumlama aşamasında birbirinden ayrılırlar. Bu nedenle de risk analistinin tecrübesi ve birikimi riski yorumlama aşamasında büyük önem kazanır.