Biyokütlenin dezavantajları; klor, potasyum, sodyum, mangan içerikleri yüksektir. Enerji içeriği düşüktür.  Gıda üretimiyle rekabet halindedir. Toprakların zarar görüp biyolojik çeşitliliğin yitirilmesi söz konusudur, Çevreye kötü koku ve zararlı bileşenler yayabilir. Isıl işleme girdiğinde zararlı salımlar ortaya çıkabilir. Toplanma, taşınma, depolanma ve ön işlenme giderleri fazladır.