Pestisit kullanımı sonrasında oluşabilecek başlıca sorunlar aşağıda verildiği gibi sıralanabilir:

• Pestisitlerin büyük bir kısmı son derece zehirlidir ve özellikle insan ve hayvanların çeşitli organlarında birikerek kanser oluşmasına neden olurlar. Tabii burada bu
maddelerin dozu da önemlidir.
• Ayrıca besin zinciri içerisinde bu maddelerin bitkiler ve hayvanlar tarafından alınması, bunların insanlar tarafından tüketilmesiyle insana geçmesi ve sonuçta insanların belirli dokularında özellikle yağ dokusunda birikimi akut ve kronik zehirlenmelere hatta ölüme neden olmaktadır.
• Pestisitlerin devamlı, gereğinden fazla ve bilinçsizce kullanılmaları sonucunda çevrenin ve besinlerin kirlenmesine, biyolojik dengenin bozulmasına ve pestisitlere dirençli türlerin ortaya çıkmasına neden olur.