Kültür şartlarında bitkilerin çoğalma hızının çok yüksek olması

Kültürlerin transfer sırasında çeşitli mikroorganizmalara bulaşma riski

Her bir bitki tür ve çeşidinin doku kültürleriyle üretiminin başarılamaması

Muhafaza sırasında kültürde bazı genetik değişikliklerin oluşabilmesi

Bilinen yöntemlerle kültür şartlarındaki bitkilerin karakterizasyonunun yapılamaması