Tedarik zinciri yönetimi teorik açıdan anlaşılabilir bir açıklığa sahipken uygulamada çeşitli zorluklar söz konusu olabilir.. Bu faktörler Talebin yanlış tahmin edilmesi,Değişken pazar ve talep modelleri, Bilgi paylaşımındaki isteksizlik, Büyük baskın müşteriler tarafından yapılan zorlamalar, Monopol haline gelmiş tedarikçilerin direnişi, Yönetim tarz ve Yaklaşımları, Zayıf ve güvenilirliği düşük dağıtım performansı, Global/uzun mesafe tedarikçiler ve/veya pazarlar, Değişime karşı direniş, Bilgi/kaynak eksikliği olarak belirtebiliriz.