Tedarik zinciri bütünleşmesinde karşılaşılan sorunlar şunlardır: Talebin yanlış tahmin edilmesi •Değişken pazar ve talep modelleri • Bilgi paylaşımındaki isteksizlik • Büyük baskın müşteriler tarafından yapılan zorlamalar • Monopol haline gelmiş tedarikçilerin direnişi • Yönetim tarz ve yaklaşımları • Zayıf ve güvenilirliği düşük dağıtım performansı • Global/uzun mesafe tedarikçiler ve/veya pazarlar • Değişime karşı direniş •Bilgi/kaynak eksikliği.