Tedarik zinciri yönetimi teorik açıdan anlaşılabilir bir açıklığa sahipken uygulamada çeşitli zorluklar söz konusu olabilir. Bu faktörler: talebin yanlış tahmin edilmesi; değişken pazar ve talep modelleri; bilgi paylaşımındaki isteksizlik; büyük baskın müşteriler tarafından yapılan zorlamalar; monopol haline gelmiş tedarikçilerin direnişi; yönetim tarz ve yaklaşımları; zayıf ve güvenilirliği düşük dağıtım performansı; global/uzun mesafe tedarikçiler ve/veya pazarlar; değişime karşı direniş ve bilgi/kaynak eksikliğidir.