CMK’da yetki kurallarına ilişkin istisnalar da öngörülmüştür. Birinci istisna davalar arasında bağlantı bulunmasına ilişkindir. İki cezai uyuşmazlık arasında bir bağlantı varsa; bu davalar yetkili mahkemelerden herhangi birinde birleştirilebilir (m.16). O zaman, davalardan birisi açısından yetkili olmayan mahkemenin davaya bakması durumu ortaya çıkacaktır ki; bu da yetki kurallarının istisnasını oluşturur. Eskişehir Asliye Ceza Mahkemesinin yetkisindeki bir dava ile Kütahya Asliye Ceza Mahkemesinin yetkisine giren diğer bir davanın birleştirilmesinde, muhakeme hukuku bakımından fayda olabilir. Bu durumda bunların Kütahya Asliye Ceza Mahkemesinde birleştirildiğini kabul edersek; Eskişehir Asliye Ceza Mahkemesinde yargılanması gereken dava bakımından, aslında yetkisiz olan Kütahya Asliye Ceza Mahkemesi yargılama yapmış olacak; böylelikle de yetki kurallarının istisnası ortaya çıkacaktır.