Bulaşıcı hastalıklarda izole edilmek istenen atların kürek fırça gibi temizlik malzemelerinin yanında yem ve su kovalarının da dezenfeksiyonuna dikkat edilmelidir. Bir at kliniğinde hekimin dışındaki personelinde enfeksiyöz hastalıklar ile bulaşıcı hastalıkları birbirinden ayırt etmeyi bilmesi çok önemlidir. Bulaşıcı hastalıklar atlar arasında temas ile yayılırken, enfeksiyöz hastalıklara bir bakteri, virüs veya parazit neden olur. Bulaşıcı hastalıklar atlar arasında, dışkıyla temas, solunum yolu veya ortak kullanılan malzemelere (örneğin yem, su kovası vb.) temas etmek suretiyle bulaşır. Klinikte bulaşıcı hastalık taşıyan bir atın hastalığı diğer atlara da geçebilir. Bu nedenle hasta atın izolasyon tavlasına alınması gerekir. Kan, burun ve dışkı örneklerinden yapılan incelemeler ile hastalık etkenlerinin varlığı ortaya konur. Özellikle aniden nörolojik belirtiler gösteren bir at hemen izolasyon tavlasına konulmalı ve alınan örneklerin sonucuna kadar da bekletilmelidir. Çamaşır suyu en kolay bulunan dezenfektan malzemesidir. Bir litre suya bir fincan çamaşır suyu eklenerek (%5 lik) hazırlanabilir. Hastanelerde kullanılan fenol bileşikleri hem rotavirus hem de salmonella organizmalarına karşı etkilidirler. El dezenfeksiyonu amacıyla da genelde iyot ve alkol içeren ürünler kullanılmaktadır.