Hasta koyun ve keçiler yakalanarak sistematik muayeneleri yapılır. Hasta koyun ve keçilerin muayenesi için koyun veya keçi bir yardımcı tarafından baş, boyun ve sırtından tutulur. Arka kısmı sabit bir cisme veya duvara dayanarak geriye doğru kaçması önlenir. Daha sonra rektumdan beden sıcaklığı ölçülür. Hastaların ağız, göz ve burun bölgesi muayenesinde; nefes alış veriş, burun, göz akıntısı, ağızda diş etleri ve ağız mukozasının rengi değerlendirilir. Yapağı ve derinin fiziksel görünümü çeşitli hastalıklar yönünden değerlendirilir. Gerekirse deri kazıntısı alınarak mikroskobik inceleme yapılır. Akciğerler ve kalp bölgesi stetoskopla dinlenir, ön mide hareketleri stetoskopla belirlenir, tırnak lezyonlarının varlığı araştırılır. Muayenede erkek hayvanlarda dış cinsiyet organı ve idrar taşı, dişilerde ise dış genital organ, meme ve uterus hastalıkları düşünülür. Alınan mide içeriğinin ve idrar örneğinin analizleri yapılır. Dışkı parazit erişkini ve yumurtası yönünden incelenir. Alınan kan örneğinde kan hücrelerinin sayısı belirlenir ve kan parazitlerinin varlığı araştırılır. Hasta kuzu ve oğlaklar deneyimlere ve yörede görülen hastalıklar dikkate alınarak muayene edilir.