Yapılan kontrol sistemi sadece mikrobiyolojik açıdan değil duyusal, fiziksel, kimyasal ve biyolojik yönlerden de yapılmaktadır.

Üretimin kontrolü değil,  son ürün kontrolü baz alınmaktadır.

Günümüze kadar kullanılan farklı kontrol sistemleri anlık olarak kontrolü sağlayabilirken HACCP kontrol sistemi, anlık ve daha önceki zamanlarda alınan kontrol önlemlerine ilişkin verilerin de elde edilmesine olanak sağlar.

HACCP sistemi, yeniliğe açık olduğu için işletme içinde yapılan herhangi bir yenilik durumunda yapılan değişiklikler mevcut sisteme kolayca adapte edilebilir.

HACCP sistemi, işletmelerde son ürünün test aşamasında yapılan muayeneler ve
kontrollerle olumsuz herhangi bir durum erkenden belirlendiği için bu gibi durumlardan işletmenin zarar yapmaması veya en az zararla bu sorunun çözülmesine katkı da bulunur.