Bakteriyel kaynaklı hastalıklarda genellikle antimikrobiyal ilaçlar kullanılarak hastalığın verimler üzerideki olumsuz etkisi, meydana gelebilecek muhtemel ölümler ya da hastalığın diğer hayvanlara bulaşma ihtimali azaltılmaya çalışılır. Antibiyotikler, viral hastalıklarda meydana gelebilecek bakteriyel kaynaklı sekonder enfeksiyonların önlenmesi amacıyla da kullanılırlar. Henüz hiçbir hastalığın olmadığı bazı durumlarda da antibiyotikler profilaktik amaçlı olarak kullanılırlar.