Veteriner ilaç kalıntılarının pek çok sebepleri bulunmaktadır. Bunların başında, ilaçların uzman olmayan kişiler tarafından yanlış şekilde kullanılması, tezgah üstü ilaç kullanımı (Over-the-counter-OTC), etiket dışı ilaç uygulamaları gelmektedir. Etiket dışı ilaç kullanımı, ilacın prospektüsünde bildirilenden daha yüksek dozda, farklı yoldan, farklı türlerde ve farklı hastalıklarda kullanımı (bu uygulamalardan biri veya birden fazlasının yapılması) anlamına gelmektedir. İlaç kalıntı arınma sürelerine (İKAS) uyulmaması ilaç kalıntılarının bir diğer sebebidir. Gıda değeri olan hayvanlarda kullanılan ilaçların formülasyonları da kalıntı riskinin oluşmasında önem taşır. Bunun dışında kalıntı kontrollerinde yeterince hassas yöntemlerin kullanılmaması da kontrollerden gelen zafiyetten kaynaklı bir risk oluşturmaktadır.