Alınan gıdaların sindirimi hücre içinde gerçekleşmektedir. Gıda maddeleri önce besin vakuollerine alınır daha sonra enzimler aracılığı ile sindirilir. Bundan sonra da vakuolü oluşturan zardan hücre sitoplazmasına girer. Paraziter yaşam süren protozoonların büyük çoğunluğu bu şekilde beslenmektedir.