Real time PCR, klasik PCR esasına dayalıdır, ancak reaksiyon devam ederken gerçek zamanda PCR ürünü saptanır ve ölçülür. Tüm PCR bileşenlerinin yanı sıra PCR amplikonlarını görmek için floresansla işaretli moleküllerden yararlanılır. PCR süresince, amplifikasyon sonrası açığa çıkan PCR ürünlerinin miktarı ile orantılı olarak artan floresans ışıldamasının şiddetinin ölçümüne dayanır.