Konfokal terimi bir objenin ve görüntüsünün aynı odağa sahip olmasına denir. Floresans mikroskop esaslarına göre çalışan çoğunlukla floresans mikroskobun gelişmiş şekli olarak kabul edilir. Konfokal mikroskop floresansla işaretlenmiş, saptanmış ya da canlı hücrelerde yüksek çözünürlük sağlayarak görüntü elde etme ve elde edilen görüntüleri birleştirerek üç boyutlu yapısı hakkında fikir vermektedir. Anlaşılacağı üzere örnek, floresan bir molekülle işaretlenmesi gerekir ki bu rutin kesitlerde çalışamaz anlamına gelmektedir. Diğer taraftan elde edilen görüntüleri birleştirerek üç boyutlu görüntüye dönüştürmesi bu mikroskobu bilgisayara bağımlı bir teknik haline getirmektedir.