Organik üretimde ırk/genotip seçiminde doğal olarak hastalıklara dayanıklı ırklar seçilmelidir. Organik yumurta ya da piliç eti üretiminde kültür ırkı ya da yerli hayvanların kullanılması teknik ve ekonomik verimlilik yönünden daha uygun olabilir. Organik üretimde hayvanların genetik yapısı değiştirilemez ve gen mühendisliği yolu ile hayvan ıslahına izin verilemez.

Hayvanların bağlı olarak tutulması yasaktır. Ancak emniyet ve hayvan sağlığı açısından gerekli ise büyükbaş hayvanlar iyi aydınlatılmış ve havalandırılmış barınaklarda düzenli olarak gezdirilmek suretiyle bağlanabilirler.

Kastrasyon ve boynuz köreltme sertifika kuruluşunun onayı ile yapılabilir.

Hayvanlar stressiz bir ortamda yetiştirilir.