Bağımsız ayıklama seviyeleri yönteminde hayvanların geliştirilmek istenen özelliklerinin hepsi aynı anda göz önüne alınır. Üzerinde durulan özelliklerin hepsi için ayrı ayrı seviyeler belirlenir. Mesela, koyunlarda sütten kesim ağırlığı, 6 ay ağırlığı ve ilk laktasyon süt verimine dönük olarak bir seleksiyon yapılmak istendiğinde bu yöntem kullanılabilir.