Gerek doğal yasamda ve gerekse insan, kendi amacına uygun genotipteki hayvanlara üreme sansı verir, amacına uymayanların üremelerini engeller. Bu olay insan eliyle ya da doğal olarak gerçeklesen birer seleksiyondur. Doğal seleksiyon genellikle yapay seleksiyona ters yönde etki ederek seleksiyon çalışmalarının olumlu sonuçlar vermesini güçleştirir, etkinliğini nispeten azaltabilir.