Elektronik hasta kayıt sisteminin güçlü kısımları olduğu gibi zayıf olduğu noktalarda bulunmaktadır. Bunlar şu şekil sıralanabilir:
• İlk yatırım maliyetlerinin yüksek olması.
• Dosyaların yükleme ve indirme zamanlarının uzun olması.
• Kullanıcı alışkanlıkları çoğunlukla verileri kâğıt üzerinde görme yönündedir. Bu nedenle bilgisayar ortamı kullanıcılar tarafından hemen kabul görmemektedir.
• Elektronik ortamda gerekli güvenlik önlemleri alınmış olmalı, yetkisiz kişilerin hasta kayıtlarına ulaşması önlenmelidir.
• Bilgisayar alt yapısı sorun çıkarmayacak ve her an kullanılmaya hazır olacak şekilde yapılandırılmalıdır.
• Otomasyon sistemi kurumun ihtiyaçlarına cevap verebilecek esneklikte olmalıdır.
• Kanuni zorunluluklar nedeniyle bazı doküman türlerinin fiziksel olarak saklanması gerekecektir.