İlaçla korumanın etkisi kısa sürelidir. Bu uygulama, antibi­yotik kullanmanın genel sakıncalarını taşır. İlaç alımı sırasında allerji ve toksik reaksiyonlarla karşılaşılabilir, antibiyotiklerin bireyin normal floralarını bozması sonucunda başka infeksiyon etkenlerinin sorunları eklenebilir. Antibakteriyel ilaçlara karşı dirençli bakte­ri suşlarının gelişmesi de önemli bir sorundur. Ayrıca ilaçla korunma masraflı bir uygulamadır.