Örnekleme derinliği toprak işleme derinliği olup, çoğu zaman üstteki 20 cm dir. Meyve ağaçlarında, 20-40 cm ve 40-60 cm derinliklerin örneklemeye dâhil edilmesi, sağlıklı sonuçlara varmayı kolaylaştırır. Burada amaç çok önemlidir. Toprakta tuzluluk sorunundan kuşkulanılıyorsa, yüzeyde 2-3 cm aralığında çalışmak gerekebilir. Bu durumda yüzey örneklemesi en fazla 0-10 cm arasında olmalıdır. Buna karşın akaçlama sistemi kurulacak bir arazide en az 2 m derinliğe değin örnek alınıp, toprağın çeşitli derinliklerdeki bünyesi, su geçirgenliği gibi özelliklerinin belirlenmesi gerekir.