Sularda yapılacak analizlerde örnekleme ile analiz zamanı arasındaki süre olabildiğince kısa olmalıdır. Su örneklerinin alınmasından önce en yakın laboratuvarla bağlantı kurulup, tam bir işbirliği sağlanması yararlı olur. Suyun pH’sı, sıcaklığı, bulanıklığı, çözünmüş oksijen kapsamı, potansiyel hastalık yapıcı mikrobiyel özellikleri, artık klor derişimi gibi birçok özelliği çok hızlı değişir. Sularda sıcaklık, çözünmüş oksijen kapsamı gibi kimi analizler yerinde yapılır. Petrol kirliliği, ağır metal bulaşması gibi amaçlarla yapılacak örneklemeler alışılmış yöntemlerden farklıdır. Böyle örneklemeler için bir uzmandan yardım alınmalıdır. Su örneği alınacak plâstik veya cam şişe, 1-1,5 litre hacimli ve temiz olmalı ve örnek alınacak suyla birkaç kez çalkalanmalıdır. Durgun sularda kıyıdan birkaç metre içerden, akarsularda olabildiğince orta noktadan örnekleme yapılır. Musluk veya motopomp suyu örneklenirken, önce su birkaç dakika boşa akıtılır.