Elverişsiz pH değeri, yağış, sıcaklık, rüzgâr gibi iklim koşulları, toprağın verimine doğrudan etki ederken  Solucan, karınca vb toprak canlılarının sayılarının azalması,elverişsiz pH değeri,bitkilerde gözlenen besin eksikliği veya zehirlilik belirtileri,azalan verimler,bitki türlerindeki değişimler,pulluk tabanı,sınırlanan kök derinliği,gübrelemeye yeterince karşılık alamama gibi yan faktörlerde verime etkisi olan doğal sorunlardandır.