AET, Türkiye ile Yunanistan ilişkilerindeki yoğun gerginlik ve hatta çatışmaların bir ürünü olarak Türkiye’nin gündemine girmiştir. Yunanistan’ın AET ile ortaklık anlaşması yapmak için 8 Haziran 1959’da yaptığı başvurudan sadece üç hafta sonra, 31 Temmuz 1959’da Türkiye’de tıpkı Yunanistan gibi örgüte ortaklık için başvuruda bulunmuştur.