Baykan Sezer, Malatya’da dünyaya gelmiştir. Lise eğitimini Galatasaray Lisesi’nde tamamlamış, daha sonra Fransa’da bulunmuştur. Fransa’da bulunduğu yıllarda Cezayir Bağımsızlık Savaşına tanıklık eden Sezer’in Doğu toplumlarıyla ilgili görüşleri bu süreçte şekillenmiştir. Türkiye’ye döndüğünde, Kemal Tahir aracılığıyla Cahit Tanyol ile tanışma fırsatı bulmuş, kitap okuyarak para kazanabileceği asistanlığa Cahit Tanyol’un teklifi üzerine İstanbul Üniversitesi’nde başlamış, emekliliği gelince bölüm başkanlığı görevini bırakmıştır.