1897 yılında Jön Türklerin Paris şubesinin başına, bir dönem Mülkiye’de siyasi tarihi dersleri veren Mizancı Murat Bey geçti. Aynı yıl Murat Bey ve birkaç arkadaşı, Cemiyet’in merkezini
Cenevre’ye taşıdı. Murat Bey’in Padişahla uzlaşması ve İstanbul’a dönmesinden sonra  cemiyet, Ahmet Rıza Bey’in kontrolüne girdi. Damat Mahmut Paşa’nın 1899’da Padişah’la ihtilafa düşmesinden sonra iki oğlunu (Lütfullah ve Sabahattin Beyler) yanına alarak Paris’e gelmesinden sonra mücadele hareketlendi. II. Abdülhamit’e karşı mücadele veren gruplar, 4-9 Şubat 1902’de Paris’te bir araya gelerek kongre düzenlemişlerdi. I. Liberaller Kongresi
olarak da adlandırılan bu girişim, güç birliği yerine ayrılığı daha da derinleştirdi. Rejimin devrilmesinde Batılı demokrat hükümetlerden yardım alınıp alınmayacağı konusunda tartışmalar yaşandı. Prens Sabahattin’in başını çektiği grup müdahaleden yana, Ahmet Rıza ve arkadaşları da müdahale karşıtı bir tutum takınmışlardır.