Hükûmet, Ankara İstiklal Mahkemesini suikastın sorumlularını yargılamakla görevlendirdi. Mahkeme heyeti 18 Haziran’da İzmir’e geldi ve hemen soruşturmayı başlatarak yurt çapında seri tutuklamalara girişti. Tutuklananlar arasında daha önce kapatılmış bulunan TpCF’nin lider kadrosunu oluşturan Kazım (Karabekir), Ali Fuat (Cebesoy), Cafer Tayyar (Eğilmez) ve Refet (Bele) gibi Milli Mücadele Dönemi’nin ünlü komutanları da vardı. 

Kazım Karabekir, Cafer Tayyar, Ali Fuat, Refet ve Mersinli Cemal Paşalar, Cumhurbaşkanının özel isteğiyle beraat ederken eski İttihat ve Terakki Cemiyeti üyeleriyle eski İkinci Grup üyelerinin davalarına Ankara’da devam edilmesi kararlaştırıldı.