MP’nin 27-29 Haziran 1953 tarihli V. Kongresi’nde Kurucu Genel Başkan Hikmet Bayur’un partinin dinci ve gericilerin eline geçtiğini öne sürerek istifa etmesi sonrasındaki gelişmeler de iktidar-muhalefet ilişkilerini olumsuz etkilemiştir. Bayur’un istifa gerekçesinin suç duyurusu olarak kabul edilip hakkında soruşturma açılması sonucu MP, Ankara 3. Sulh Ceza Mahkemesinin “dini esasa dayanan ve gayesini saklayan bir cemiyet olduğu” kararıyla 27 Ocak 1954’te resmen kapatıldı.