Melikşah Haçlı ordusunun ayrılmasından sonra babasının iktidarını kullanarak kardeşlerinin topraklarına sahip olmak istedi. Malatya’daki Kayserşah, Selahaddin Eyyûbî’nin himayesini sağlayıp yerinde kalırken; Melikşah babasını zorla yanına alarak Kayseri’deki Sultanşah’ı kuşattı. Kılıç Arslan burada Sultanşah’a ettiyse de onun da amaçları için kendisini kullanmak istediğini görerek, Uluborlu meliki Keyhüsrev’in yanına kaçtı. Bunu fırsat bilen Melikşah Konya’ya girip tahtı ele geçirdi. Kılıç Arslan bunun üzerine Keyhüsrev’in yardımıyla başkenti kurtarıp yeniden tahta oturdu ve bu oğlunu veliaht ilan etti.