Kılıç Arslan bundan sonra Tokat, Niksar, Kayseri ve Sivas bölgesinde hüküm süren Danişmend Bey’in de hedefleri arasında bulunan Malatya üzerine yürüdü. Her ne kadar teorik olarak Danişmendliler ve diğer Türkmen beyleri Kılıç Arslan’ın tâbîleri idiyse de statü, sultanın gücünü ortaya koymasına bağlı olarak yerleşecekti. Malatya ise Suriye kapısı (Antakya-Halep-Urfa çizgisinde) Büyük Selçuklular tarafından tıkanmış bulunan Anadolu yaylasını el-Cezire’ye bağlayan kilit noktalardan biri olması bakımından stratejik önemi haizdi. Kılıç Arslan bu sebeple Ermeni Gabriel’in idaresinde bulunan şehri 1095 yılında kuşattı. Malatya iyi tahkim edilmiş olduğu için şiddetle muhasara edilmesine, hatta bir kısım Hıristiyan ahalinin teslim olmak istemesine rağmen düşürülemedi. Sultan kuşatmayı ağırlaştırarak sürdürmek istiyordu; fakat bu sırada Haçlı ordularının topraklarına girdiğini haber aldı. Bu sebeple de kent alınamadı.