Mustafa Kemal Paşa, Ali Rıza Paşa Hükümeti’nden Kuva-yı Milliye’yi ülkedeki tek etkin güç olarak tanımasını istemişti. Ali Rıza Paşa Hükümeti de onunla anlaşmak ihtiyacı duyuyordu. Taraflar arasında yapılan yazışmaların ardından İstanbul Hükümeti adına Bahriye Nazırı Salih Paşa’nın Heyet-i Temsiliye Başkanı Mustafa Kemal ile görüşmesi kararlaştırıldı. Görüşmeler 20-22 Ekim 1919 tarihlerinde Amasya’da yapıldı.Yapılan görüşmeler sonunda hükümet ile Heyet-i Temsiliye arasında üçü açık ikisi gizli beş protokol imzalandı. Tarihimize “Amasya Protokolleri” olarak geçen bu kararlara göre; bu görüşmeler sonunda Erzurum ve Sivas Kongreleri ile oluşturulan milli teşkilat ve Heyet-i Temsiliye, İstanbul hükümeti tarafından resmen tanınmış oldu. Sivas Kongresi’nde alınan kararlar benimsendi. Milli iradenin temsil edileceği meclisin toplanması ve seçimlerin yapılması kabul edildi. Böylece Sultan Vahdettin tarafından kapatılmış olan meclisin yeniden toplanmasının ve Türk milletinin yazgısına egemen olmasının önü de açılmış oldu.