Askeri müdahaleden hemen sonra ülke yönetimini, Genelkurmay Başkanı Orgeneral Kenan Evren’in başkanlığında oluşan Milli Güvenlik Konseyi üstlendi. Beş kişinden oluşan Milli Güvenlik Konseyi’nde Kenan Evren’den başka, Kara Kuvvetleri Komutanı Nurettin Ersin, Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Tahsin Şahinkaya, Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Nejat Tümer ve Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Sedat Celasun yer aldı. Milli Güvenlik Konseyi’nin yapısından da anlaşılacağı gibi darbe, emir komuta zincirine bağlı kalınarak gerçekleştirilmişti. Kısa bir süre sonra da hükümeti kurmakla görevlendirilen Deniz Kuvvetleri Eski Komutanı Bülent Ulusu da yeni Bakanlar Kurulu’nu oluşturdu.