Caminin inşaat hazırlıklarına 1568 yılında başlanır. Bina emini olarak Halil Çelebi atanır. 

Ulu Camii, paye ve kemerlerle her biri farklı türde
tonoz ve kubbe çeşitlemeleriyle örtülü farklı
boyutta yirmi beş birime ayrılmış, çok ayaklı çok
bölüntülü plan şemasına göre inşa edilmiştir,

Şifahane kapalı avlulu üç eyvanlı medrese plan
şemasındadır,

Yapıların tüm destek, kemer,
kubbe ve tonoz örtülerinde taş malzeme
kullanılmıştır.

Duvarları içten ve dıştan,
çevredeki taş ocaklarından çıkartılan sarıdan
kırmızıya kadar değişen renk tonlarına sahip tüf
çeşidinden düzgün kesme taşlarla kaplanmıştır,