1584 yılında Selimiye’nin minarelerinden birine yıldırım düşmesiyle minare yıkılmış ve camiye hasar vermiştir. 1605, 1611, 1614, 1692, 1860, 1862 yıllarında da minarelere yıldırım düşmüş bazen minarelerin yeniden yapımı gerekmiştir. 1932 de büyük bir fırtınada minarelerin külâhları kopmuştur.