Hava kargo taşımacılığı avantajlarına karşılık, birim maliyet ve ücretlerin diğer taşımacılık seçeneklerine göre yüksek olması  fiyat açısından önemli bir dezavantaj yaratır. Çünkü hava kargo taşımacılığında yatırım ve işletim maliyetleri oldukça yüksektir. Hava kargonun tek başına kapıdan-kapıya taşımacılığı sağlayamaması ve kısa mesafeli hatlarda diğer ulaştırma seçenekleri ile yoğun bir rekabet içinde olması diğer zayıflıklarıdır.