Boru hattı taşımacılığının bu önemli avantajlarının yanı sıra bazı dezavantajları da vardır. Bunları şu şekilde sıralayabiliriz:
• İlk kuruluşta büyük yatırımlar gerektiren bir taşımacılık türüdür.
• Dünya genelinde taşımacılık şirketleri ABD dışında monopol bir yapıdadır.
Başka bir deyişle, boru hattı taşımacılığı pazarında, dünyada hemen hemen
hiç rekabetin olmadığı söylenebilir. Bu durum fiyatları yukarı çekebilir.
• Sadece yük taşımacılığında kullanılabilen, taşınacak yüklerin çeşit olarak
sınırlı olduğu tek yönlü bir trafik akışı vardır.
• Büyük miktarlarda arz ve talep gerektirir.
• Kapıdan kapıya taşımacılık konusunda esnekliği düşüktür.
• İlave talep gelmesi halinde bu talebe cevap verilemeyebilir. Talebin düşmesi
halinde sistemin ekonomik olmaktan çıkma ihtimali söz konusu olur.
• Aynı boru hattında farklı akışkanlar taşınmak istendiğinde yükün bir bölümü, kaçınılmaz bir şekilde, atılmak durumundadır.
• Boru hattı taşımacılığı daha emniyetli olmasına rağmen pompalama istasyonlarında ve depolama tesislerinde oluşabilecek kazalar önemli zararlar
yaratabilir. Bu durum, önleyici bakım faaliyetlerini önemli hale getirmektedir. Bakım faaliyetlerindeki artış işletim maliyetlerini artırır.
• Boru hattı ile taşınan ham petrol ve doğal gazın üretim yerinden tüketim
yerine taşınırken pek çok ülkeyi kat etmesi gerekir. Bu da taşımacılığın politik yönünü öne çıkartmaktadır. Boru hattının geçtiği bölgelerdeki güvenlik önemli hale gelmektedir.
• Boru hatlarındaki kaçaklar taşınanın fire vermesine neden olabilir