Boru hattı taşımacılığının bu önemli avantajlarının yanı sıra bazı dezavantajları da vardır. Bunları şu şekilde sıralayabiliriz: • İlk kuruluşta büyük yatırımlar gerektiren bir taşımacılık türüdür. • Dünya genelinde taşımacılık şirketleri ABD dışında monopol bir yapıdadır. Başka bir deyişle, boru hattı taşımacılığı pazarında, dünyada hemen hemen hiç rekabetin olmadığı söylenebilir. Bu durum fiyatları yukarı çekebilir. • Sadece yük taşımacılığında kullanılabilen, taşınacak yüklerin çeşit olarak sınırlı olduğu tek yönlü bir trafik akışı vardır. • Büyük miktarlarda arz ve talep gerektirir. • Kapıdan kapıya taşımacılık konusunda esnekliği düşüktür.