Her türlü ceza muhakemesi işlemlerinde UYAP kullanılır. Bu işlemlere ilişkin her türlü veri, bilgi, belge ve karar, UYAP vasıtasıyla işlenir, kaydedilir ve saklanır.

Kanunlarda gösterilen istisnalar hariç olmak üzere, dosyalar güvenli elektronik imza kullanılarak UYAP’tan incelenebilir ve her türlü ceza muhakemesi işlemi yapılabilir.

Elektronik imzalı belgenin elle atılan imzalı belgeyle çelişmesi halinde UYAP’ta kayıtlı olan güvenli elektronik imzalı belge değil ıslak imzalı belge geçerli kabul edilir.

Zorunlu nedenlerle fiziki olarak düzenlenmiş belge veya kararlar, yetkili kişilerce taranarak UYAP’a aktarılır ve gerektiğinde ilgili birimlere elektronik ortamda gönderilir.

Yargı birimlerinin ihtiyaç duyduğu nüfus, tapu, adli sicil kaydı gibi dış bilişim sistemlerinden UYAP vasıtasıyla temin edilen bilgi, belge ve kayıtlar, zorunlu olmadıkça ayrıca fiziki olarak istenilmez.