WTO’nun iki yılda bir toplanan ve üye devletlerin ilgili bakanlarından oluştuğu için bu ismi alan “Bakanlar Konferansı” adlı organı, öteki organlara göre en geniş yetkilere sahip olanıdır. WTO, GATT’ın bütün yetki ve sorumluluklarını üstlenmiştir. GATT ile temel farkı, anlaşma ve mevzuatın üyelerce ihlali durumunda etkili yaptırım mekanizmalarına sahip olmasıdır. Bu yönüyle “ulus-üstü” denetim mekanizmasının küresel örneklerinden biridir.