Böyle bir kuruluşla ilgili ilk toplantı 19 Aralık 1990’da Ankara’da SSCB, Bulgaristan, Romanya ve Türkiye’nin yanı sıra, SSCB’ye “birlik (soyuz) cumhuriyeti” statüsü altında dâhil olan Azerbaycan, Gürcistan, Ermenistan ve Moldova’nın katılımıyla gerçekleştirilmiştir. Toplantı sonunda taraflar “Karadeniz Ekonomik İşbirliği Projesi” nin hayata geçirilmesi konusunda mutabık kalmışlardır. 25 Haziran 1992’de İstanbul’da kuruluş anlaşması yapılarak KEİ hayata geçirilmiştir. Örgüt Sekretaryası da İstanbul’dadır.