H-O Teorisi’nin eksikleri şunlardır:

• İki ülkeli, iki mallı ve iki faktörlü analiz gerçek hayattaki durumu yansıtma­maktadır.
• Gerçek hayatta, ne mal piyasasında ne de faktör piyasasında tam rekabet piyasası şartları yoktur. Genellikle piyasalar aksak rekabet şartlarında işle­mektedir.
• Üretim faktörlerinin ülke içinde tam hareketli, ülkeler arasında ise tam hareketsiz olması söz konusu değildir. Ülke içerisinde bir bölgeden diğer bir bölgeye veya bir sektörden diğer bir sektöre faktör aktarımının önünde ciddi engeller vardır.
• İki ülkedeki üretim faktörleri homojen değildir. Üretim faktörleri homojen olmadığı için ticaret imkânları ortaya çıkmaktadır. Ayrıca bu faktörlerin sayılması da çok zordur.
• Üretimde sabit maliyet şartları geçerli değildir. Çünkü ülkeler ticaret yap­tıkça ve ihraç malının üretimini artırdıkça ölçek ekonomileri ortaya çıkabi­lecek ve maliyetler azalabilecektir. Bu durumda karşılaştırmalı üstünlükle­rin yönü değişebilecektir.