Sistem teorisi, farklı karakterlere sahip devletlerin aynı koşullarda benzer politikalar izleyeceğini varsayarak, devletler arasındaki farklılıkları göz ardı edebilmektedir. Ayrıca sistem teorilerinde devletlerin içsel yapıları, bu konudaki farklılıkların dış politikaya etkileri de dikkate alınmamaktadır. Sistem teorileri devlet merkezli olduğu, uluslararası ilişkilerin tek aktörü olarak devletleri kabul ettiği için, siyasal süreçte etkili olan ulusal ya da uluslararası sivil toplum kuruluşlarını, medya örgütlerini ve diğer örgütlü örgütsüz çıkar gruplarını da dikkate almamaktadır. Her ne kadar makro genellemeler yapmaya uygun bir teori olsa da aynı koşullarda, devletlerin neden farklı politikalar izlediklerini açıklayamadığı için eleştirilmektedir.