Vaka içi (within case) analizlerde de karşılaştırma mantığı tek bir vakanın kendi içinde uygulanır. Karşılaştırmalı siyasette genellikle her bir ülke bir vaka olarak ele alındığından, vaka içi analizler çoğunlukla bir ülkenin tarihteki değişik dönemlerinin karşılaştırmalı olarak incelenmesi suretiyle yapılmaktadır.