Fon’un üç organı bulunmaktadır. Bütün ülkelerin temsil edildiği Guvernörler Kurulu, IMF yönetimindeki en yetkili organdır. Kurulun olağan toplantıları, IMF ve Dünya Bankası’nın yıllık toplantıları esnasında yapılır. Guvernörler Kurulu IMF’inin günlük işlerini yürütme ve gözetme yetkisini İcra Direktörleri Kurulu’na devretmiştir. Yılda iki kez toplanan (ilkbaharda bir kez ve Guvernörler Kurulu’nun toplandığında bir kez olmak üzere) Geçici Komite 2 Ekim 1974 tarihinde kurulmuştur. Bu Komitenin üyelerini Fon’un Guvernörleri, Bakanlar ve eş düzeydeki yetkililer oluşturmaktadır. Yönetim Kurulu, Fon’un tüm günlük işlemlerini yürütmektedir ve bu amaç doğrultusunda Guvernörler’den aldığı yetkiyi kullanır. Fon’un Genel Müdürü aynı zamanda Yönetim Kurulu’nun da başkanıdır. Yönetim Kurulu üyeleri iki yıllık dönemler itibarıyla seçilirler.