UNEP’in iç yönetim yapısı da zaman içerisinde artan sorumluluklarına bağlı olarak değişim göstermiş olup UNEP bugün 7 birimi aracılığıyla faaliyetlerini yürütmektedir.

• Erken Uyarı ve Değerlendirme Birimi
• C¸evre Hukuku ve Sözleşmeleri Birimi
• Teknoloji, Sanayi ve Ekonomi Birimi
• Bölgesel İş birliği Birimi
• C¸evre Politikasının Uygulanması Birimi
• İletişim ve Enformasyon Birimi
• Küresel C¸evre Fonu Eşgüdüm Birimi