Depo düzeni ve operasyonları enerji etkinliğine ve işçi verimliliğine doğrudan etki eder. Alanların verimsiz şekilde kullanılması emek ücreti artışı, yavaş müşteri hizmeti, düşük varlık kullanımı, yüksek sermaye gereksinimleri ve çevre üzerinde daha büyük fiziksel zarara neden olur. Malların elleçlenme sürecinde gereksiz adımlardan kurtulmak için deponun iş akışı ve iç planının etkinliğini sağlayan en iyi uygulamalar gözden geçirilmelidir. Bu uygulamalar kısaca şunlardır:

• Mümkün olduğunca depo alanının diğer kullanıcılarla paylaşılması.
• Güvenli ve etkili bir kullanım, envanter toplama ve yığma ile tekrar yükleme ve boşaltma yapmayı enküçüklemek etmek için, depo alt yapısının organize edilmesi.
• Depodaki mal akışının iyi olmasını sağlayabilmek için içteki ve dıştaki yükleme operasyonlarının birbirleriyle ilişkilendirilmesi.
• Karton, palet ve fıçı kullanımının depo yüksekliğini tam kapasite kullanabilecek şekilde yapılandırılması.
• Enerji verimliliği ve üretkenliği için toplama yönteminin optimizasyonu.
• Toplama talimatı (tek toplayıcı, tek talimat), toplu toplama (tek toplayıcı, birden fazla talimat), bölgesel toplama ( birden fazla toplayıcı, bölgeden bölgeye iletilecek tek veya birden fazla talimat), dalgalı toplama (birden fazla toplayıcı, birden fazla talimat).
• Etkili iş akışı süreçleri ve prosedürleri için çalışanların eğitilmesi.