Piksel tabanlı sınıflandırmada tek bir sınıflandırma kategorisi kullanılırken alt tabanlı piksel sınıflandırmada birden çok sınıf bulunur ve bu sınıfların pikselden piksele değiştiği kabul edilir.

Piksel tabanlı sınıflandırmada tek bir sınıflandırma kategorisi kullanılırken alt tabanlı piksel sınıflandırmada piksellerin alanları da kullanılır.

Piksel tabanlı sınıflandırmada segmentasyon algolaritmaları kullanılmaz ancak alt tabanlı piksel sınıflandırmada segmentasyona ihtiyaç duyulur.

Piksel tabanlı sınıflandırmada piksel gruplarına ait doku ve bağlam bilgileri kullanılırken alt tabanlı piksel sınıflandırmada piksellere ait tematik bilgiden (yollar, köprüler gibi) faydalanılır.

Piksel sınıflandırma kontrollü bir sınıflandırma iken alt tabanlı piksel sınıflandırma kontrolsüz bir sınıflandırma yöntemidir.