Uzaktan algılama verileri ile %30’dan daha az bitki örtüsüne sahip kurak ve yarı kurak sistemlerde bitki örtüsü tipi ve miktarının gözlenmesinde 3 temel problem ile karşılaşılır:

1. Karışık Piksel: Zemindeki mekânsal değişim piksel büyüklüğüne göre oldukça büyük ise, çok sayıda farklı arazi örtüsü/kullanımı sınıfı aynı piksel içinde yer alacaktır. Bu durum diğer birçok uygulama için de geçerlidir

2. Geri Plandaki Toprak Etkisi: Çıplak toprak yüzeyi üzerindeki seyrek bitki örtüsü, toprak yüzeyinin yüksek yansıtımı nedeniyle bitki örtüsünün spektral yansıtımında bir değişime neden olacaktır.

3. Gölge Etkisi: Güneş zenit açısına bağlı olan ve tüm optik dalga boylarında etkisi büyük olan gölge faktörü, topoğrafya ve bitki örtüsü yapısından kaynaklanmaktadır.