Vergi kabahatlerinin tesbiti ve bunlara ilişkin cezaların uygulanması da yine vergi idaresi ile vergi ödevlisi arasında bazı uyuşmazlıkların ortaya çıkmasına kaynaklık etmektedir. Ancak, hürriyeti bağlayıcı cezayı gerektiren bir vergi suçu için açılacak davaya bakmakla görevli yargı organı ceza mahkemesidir.